トランスコード、もしくは再トランスコードの操作を実施した直後に使用しているトランスコード設定を変更していませんか。
EQ管理画面でトランスコード、再トランスコードの操作を実行した後、システム側で処理が開始されるまでには、ある程度の時間を要します。
その間にトランスコード設定に変更が入ると、トランスコード設定情報に矛盾が生じることで内部エラーが発生します。
その間にトランスコード設定に変更が入ると、トランスコード設定情報に矛盾が生じることで内部エラーが発生します。
内部エラーが発生するとトランスコード、再トランスコードの処理が進まず、他のお客様の動画アップロード（トランスコード）にも影響が出ますので、実行中のトランスコードが完了するまでは、トランスコード設定の変更は行わないようご注意ください。
また、上記エラーが発生した動画については、システム側で改めてトランスコード処理を実行する必要があります。
お手数ですが、該当トランスコード設定を変更前の状態に戻した後に、EQサポートデスクまで、エラーが発生した動画IDをご連絡ください。
＜参考＞
再トランスコード（一括）